核苷酸的连接方式磷酸——五碳糖——含氮碱基。
尽管核糖环上的所有游离羟基（核糖的C-2、C-3、C-5及脱氧核糖的C-3、C-5）均能与磷酸发生酯化反应，但生物体内多数核苷酸都是5-核苷酸，即磷酸基团位于核糖的第五位碳原子上（C-5）。
种类：核苷酸中的磷酸有一分子、两分子及三分子几种形式。
核苷一磷酸（NMP）：AMP、GMP、CMP、UMP
核苷二磷酸（NDP）：ADP、GDP、CDP、UDP
核苷三磷酸（NTP）：ATP、GTP、CTP、UTP
脱氧核苷一磷酸（dNMP）：dAMP、dGMP、dCMP、dTMP
脱氧核苷二磷酸（dNDP）：dADP、dGDP、dCDP、dTDP
脱氧核苷三磷酸（dNTP）：dATP、dGTP、dCTP、dTTP